为期13天的第16届夏季残奥会，9月5日晚在东京国立竞技场举办闭幕仪式，尽管新冠肺炎疫情带来了许多挑战。法国巴黎市长伊达尔戈在闭幕式上接下残奥会旗帜，象征著法国是2024年残奥会主办国。随后，场馆圣火熄灭。
综合外媒和日本共同社报道，新冠肺炎疫情使该届残奥会展延1年举行，有源自大约162个国家和地区、超过4400名运动员参与。当晚闭幕式现场没有观众，出席者有日本皇嗣秋筱宫文仁亲王、日本首相菅义伟、东京都知事小池百合子、国际残奥委员会（IPC）主席帕森斯等。
当晚众多运动员中包括2名阿富汗选手，而阿富汗多数省份近期已被武装组织塔利班管制。在多国努力下，这两名选手在残奥会期间抵达东京，并在闭幕式上扛起了国旗。
东京奥运和残奥会史无前例地延期一年后，由于日本和全球各地的新冠肺炎病例持续增加，东奥和残奥会能否安全举行的问题一直存在不确定性。
公众对东京奥运会和残奥会组委会（简称东京奥组委）决定在今年夏天持续举办奥运会产生了分歧，菅义伟在面临对其政府处理公共卫生危机的批评后，周五突然宣布计划辞职。
为防止病毒传播，各国代表团几乎受限于选手村和体育馆内，而外国参赛者被要求在最后一场比赛之后，尽快离开日本。
将于明年2月举办冬季奥运会的中国，以较大优势在本届残奥会获得奖牌榜榜首，赢得96枚金牌、60枚银牌和51枚铜牌，其次是英国、美国和俄罗斯。
